Установа «Дзяржаўны музей гісторыі беларускай літаратуры» заснавана 6 лістапада 1987 года па загаду Міністэрства культуры БССР. Музей размясціўся ў некалькіх будынках Траецкага прадмесця ў Мінску, плошчы якіх падчас правядзення рамонту былі прыстасаваны пад музейныя памяшканні. Для наведвальнікаў музей быў адкрыты ў 1991 годзе.
Дзяржаўны музей гісторыі беларускай літаратуры з’яўляўся галаўной арганізацыяй у Аб’яднанні дзяржаўных літаратурных музеяў (далей Аб’яднанне), якое было ўтворана 25 сакавіка 1986 года ў адпаведнасці з загадам Міністэрства культуры БССР. У яго склад уваходзілі Дзяржаўны літаратурны музей Янкі Купалы, Дзяржаўны літаратурны музей Якуба Коласа, Літаратурны музей Пятруся Броўкі, Літаратурны музей Максіма Багдановіча і іх філіялы. 18 кастрычніка 1991 года ў склад Аб’яднання была ўключана рабочая група па стварэнні Дзяржаўнага музея гісторыі тэатральнай і музычнай культуры на правах самастойнай музейнай адзінкі на перыяд распрацоўкі экспазіцыі музея.
Арганізацыйная структура Аб’яднання ўяўляла сабой даволі складаную сістэму. Кожны музей, які туды ўваходзіў, з’яўляўся самастойнай юрыдычнай асобай, меў уласныя зборы і быў звязаны з іншымі на ўмовах каардынацыі асноўных відаў дзейнасці. 3 другога боку, кожны з іх, у сваю чаргу, выступаў як аб’яднаны музей, паколькі валодаў развітай сістэмай філіялаў, якія падпарадкоўваліся галаўному музею. У склад Аб’яднання ўваходзілі 95% літаратурных музеяў краіны. Дырэкцыя Аб’яднання адначасова выступала дырэкцыяй Дзяржаўнага музея гісторыі беларускай літаратуры.
У 1991 годзе з Аб’яднання быў выведзены Дзяржаўны літаратурны музей Янкі Купалы. У 2001 годзе Аб’яднанне было поўнасцю рэарганізавана. 29 чэрвеня 2001 года на падставе загаду Міністэрства культуры Рэспублікі Беларусь з Аб’яднання былі выведзены Дзяржаўны літаратурна-мемарыяльны музей Якуба Коласа, Літаратурны музей Максіма Багдановіча, Дзяржаўны музей гісторыі тэатральнай і музычнай культуры, а пазней – Літаратурны музей Пятруся Броўкі. Рэструктурызацыя ўлічыла правы і магчымасці асобных музеяў і філіялаў, стала адным са сродкаў садзеяння іх далейшаму эфектыўнаму развіццю.
Пасля рэструктурызацыі Аб’яднання Дзяржаўны музей гісторыі беларускай літаратуры стаў самастойнай музейнай установай рэспубліканскага падпарадкавання. У структуры Дзяржаўнага музея гісторыі беларускай літаратуры на 1 студзеня 2003 знаходзілася 6 філіялаў: Літаратурны музей Максіма Гарэцкага (Магілёўская вобласць, Мсціслаўскі раён, вёска Малая Багацькаўка), Літаратурны музей Кузьмы Чорнага (Мінская вобласць, Капыльскі раён, вёска Цімкавічы), Музей-сядзіба Міцкевічаў «Завоссе» (Брэсцкая вобласць, Баранавіцкі раён, Завоссе), Музей-сядзіба Францішка Багушэвіча «Кушляны» (Гродзенская вобласць, Смаргонскі раён, вёска Кушляны), Гісторыка-літаратурны музей у в. Гарадок (Мінская вобласць, Маладзечанскі раён, вёска Гарадок), Музейны комплекс у Плябані (Мінская вобласць, Маладзечанскі раён, вёска Плябань).
З 2005 года пачалася тэндэнцыя перадачы філіялаў, якія знаходзіліся на значнай тэрытарыяльнай аддаленасці ад галаўнога музея, што сур’ёзна ўскладняла каардынацыю і кантроль за іх дзейнасцю.
У 2007 годзе на падставе Пастановы Савета Міністраў Рэспублікі Беларусь ад 10 снежня 2007 года № 1713 і загадам Міністэрства культуры Рэспублікі Беларусь ад 18 снежня 2007 года № 302 адбылася перадача з рэспубліканскай уласнасці ў камунальную ўласнасць Маладзечанскага раёна двух філіялаў – Гісторыка-літаратурнага музея ў в. Гарадок і Музейнага комплекса ў Плябані.
У 2010 годзе на падставе Пастановы Савета Міністраў Рэспублікі Беларусь ад 16 ліпеня 2010 года № 1071 і загадам Міністэрства культуры Рэспублікі Беларусь ад 27 кастрычніка 2010 года № 152 Літаратурны музей Максіма Гарэцкага перададзены ў камунальную ўласнасць Мсціслаўскага райвыканкама.
Першым кіраўніком установы «Дзяржаўны музей гісторыі беларускай літаратуры» з’яўляўся Леанід Тарасавіч Хадкевіч. З 2002 па 2016 гады дырэктарам музея з’яўлялася Лідзія Вітальеўна Макарэвіч, з 2016 года па 2018 год — Яцкевіч Дзмітрый Лявонцьевіч. З лістапада 2018 года музей узначальваў Міхаіл Леанідавіч Рыбакоў. З лютага 2021 года дырэктарам установы з'яўляецца Сяргей Іванавіч Усік.
